Точную дату образования населенного пункта Пуир установить не удолось из-за отсутствия документов, но имеются сведения о населенном пункте Пуир образованной до 1849 г., представляющий собой инородческок стойбище. В "Ведомости о численности инородческого (гиляков) и китайского населения Николаевского округа", составленной 28 ноября 1885 г., значится населенный пункт Пуэр (так в документе), в котором числилось 7 юрт и проживало 88 человек (51 мужчина и 37 женщин). Из них приняти православие (крестились) 27 мужчин и 22 женжины. В географическо-статистическом словаре Амурской и Приморской областей А Кириллова за 1894 г. имеются сведения о деревне Пуир: "Пуир — деревня Приморской области на материке в северной части Амурского Лимана, в 85 верстах от Николаевска, населенная гиляками; в 1888 году в ней было 4 юрты и жителей 20 душ мужчин и 18 женского пола". Согласно "Сведениям об оседлых поселениях Удской округи Сергиевской волости" за 1894-1895 г. в инородческой деревне Пуэр имелось 5 хозяйственных дворов (деревянных хижин с травяной крышей), проживало 43 мужчины и 33 женщины (из них 15 семейных пар, 35 мужчин и 19 женщин рабочего возраста). Местное население по национальности — гиляки, по вероисповеданию язычники.
Основной вид деятельности местных жителей — лов рыбы и охота на пушного зверя и перелетную птицу. С июня по сентябрь "семейно" ловили кету, строя для этого "Заездки". В сезон 1899 г. было выловлено кеты осенней 2900 (так в документе). В остальное время года ловили осетров, калугу и другую рыбу. Остатки продуктов охоты и рыболовства продавали в г.Николаевск. Также гиляки селения Пуэр занимались рубкой леса (ель, пихта, лиственница) в государственных казенных дачах. Для отопления жилищ использовали дрова. Настройки располагались на отдалении друг друга, пожаров не было.
В 1911 г. население гилякской деревни Пуэр составляло 155 человек. В "Списке населенных пунктов мест Хабаровского края" личного фонда краеведа В.П. Медведева значится населенный пункт Пуир, известный как туземное стойбище со времен Амурской экспедиции. В "Списке населенных мест Дальневосточного края" по материалам Всесоюзной переписи населения 17 декабря 1926 года и Приполярной переписи 1926-1927 гг. значится рыбный промысел Пуер, в 90 км от районного центра, Макаровского сельского Совета. В документах архивных фондов муниципального казенного учреждения "Муниципальный архив Николаевского района" имеются сведения о Пуирском сельском Совете.
Дата образования Пуирского национального Совета с центром в с. Пуир не установлена, но не позднее 1931 года. В документах по административно-территориальному делению Нижнеамерского района в 1932 г. в спике населенных пунктов Нижнеамурского района значится стойбище Пуир Пуирского (национального) сельского Совета. До 1932 г. Пуирский сельский Совет подчинялся Лимано-Гилякскому райисполкому с 1933 по 1963 гг. Нижнеамурскому райисполкому, с 1963 г. — Николаевскому-на-Амуре горисполкому. В документах по административно-территориальному делению Нижнеамурского района в краткой характеристике Пуирского сельского Совета с 1932-1935 год в состав сельского совета входили: промысел Пуир, стойбище Пуир, с.Макаровка.
На 1 июня 1953 г. в состав сельского Совета входили населенные пункты: рыбозовод Пуир, с.Макаровка. На 1 января 1987 г. в состав сельсовета входили: п.Пуир, с.Байдуково, с.Макаровка, с.Меньшикова.
В 1991 г. деятельность исполкома сельского Совета прекращены, его полномочия переданы сельской администрации. Постановлением главы администрации Хабаровского края от 17 апреля 1992 г. № 77 утверждено официальное наименование — Пуирская сельская администрация с центром в п.Пуир.
Законом Хабаровского края от 29 мая 1996 г. № 48 является муниципальным образованием. В 2004 г. наделено статусом — Пуирское сельское поселение.
Административным центром Пуирского сельского поселения с 2005 г. определен п.Пуир. С 2009 г. в перечень населенных пунктов, входящих в Пуирское сельское поселение, включены п.Пуир, с.Байдуково, с.Макаровка.