Село Лончаково по данным истории Амурского казачьего войска зарегистрировано в 1859 году, что подтверждает справка государственного архива Хабаровского края № 7-10/22 от 11.03.1988 года. Название селу дали в честь первого переселенца Забайкальского казачьего урядника — Лончакова Егора, который со своими товарищами начинали строить село.

Через десять лет по ведомости 1868 года в станице Лончаковской числилось 55 дворов, в которых проживало 149 мужчин и 134 женщины, в хозяйствах было 139 лошадей, 15 быков, 136 голов крупного рогатого скота и 186 десятин возделываемой земли. Излишки продукции за бесценок скупали приезжие купцы. На зиму лончаковцы уезжали на заработки, на заготовку леса. Работали зимой и летом.

В 1924 году в селе образована коммуна, которую в 1931 году преобразовали в колхоз «Пограничник». В 1961 году колхоз вошел в состав совхоза «Лермонтовский» как отделение № 4. В 1987 году на территории села образовалось отдельное хозяйство — совхоз «Лончаковский». В настоящее время на территории с. Лончаково расположены производственные помещения АО «Лермонтовское».

Первый фельдшерский пункт был открыт в 1894 году.

Первая начальная школа была построена в 1902 году. В 1953 году построили неполную среднюю школу. В 1998 году начато строительство нового здания школы на 150 человек, которое было сдано в 2001 году.

В 1931 году в селе строится сельский клуб, с 1 февраля 1969 года сельский клуб переименован в сельский дом культуры.

С 1984 года по 1990 год село застраивалось по генеральному плану застройки панельными домами. Образовались новые улицы: Набережная, Уссурийская, Центральная, переулки Садовый,  Новый.

Население — 571 человек.

На территории поселения в настоящее время функционируют следующие учреждения и службы:

• МБОУ СОШ сельского поселения «Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
• МБДОУ детский сад № 9 сельского поселения «Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
• МКУК «КДИЦ" сельского поселения „Село Лончаково» Бикинского муниципального района Хабаровского края;
• ФАП сельского поселения «Село Лончаково»,
• Отделение почты России;
• Отделение с.Лончаково службы г. Бикина ФСБ по Хабаровскому краю и ЕАО.