МФЦ можно создать в любой организационно-правовой форме, предусмотренной для российских организаций (ст. 2 Федерального закона от 27.07.2010 № 210-ФЗ). Законодательство не запрещает органам местной власти нескольких муниципальных образований учреждать МФЦ в форме автономной НКО (ст. 69 Федерального закона от 06.10.2003 № 131-ФЗ).
Орган местной власти может передать муниципальное имущество в собственность юрлица только путем приватизации (ст. 217 ГК). Перечень способов приватизации установлен в статье 3 Федерального закона от 21.12.2001 № 178-ФЗ. Создание автономной НКО органами местной власти ни под один из этих случаев не подпадает. Передача автономной НКО имущественных прав также запрещена (ст. 17.1 Федерального закона от 26.07.2006 № 135-ФЗ). Поэтому МФЦ, созданному в форме автономной НКО, муниципальные образования могут только предоставить бюджетные инвестиции (ст. 80 БК). Такого же мнения придерживается Комитет Госдумы по федеративному устройству и вопросам местного самоуправления.