Необходимо ли осуществление профилактики и принятие программы профилактики, если система управления рисками в данном виде контроля не применяется?

Ответ:Да, профилактика осуществляется всегда, если данный вид контроля осуществляется на данной территории. 
По сути ФЗ № 248-ФЗ предусматривает в отношении регионального и муниципального контроля 2 режима – осуществляется и не осуществляется. Не осуществляться он может, если на территории отсутствуют объекты контроля (ч. 9 ст. 1 ФЗ № 248-ФЗ). В этом случае положение не утверждается, программа профилактики не принимается.  
Если объекты контроля есть, то значит контроль должен осуществляться. При этом, должны проводится 2 ключевых блока мероприятий – контрольные и профилактические. Это и есть содержание контроля (ч. 1 ст. 1 ФЗ № 248-ФЗ).  
Далее. В соответствии с ч. 7 ст. 22 ФЗ № 248-ФЗ положением о виде муниципального контроля может быть установлено, что система оценки и управления рисками при осуществлении соответствующего вида муниципального контроля не применяется, если иное не установлено федеральным законом о виде контроля, общими требованиями к организации и осуществлению данного вида муниципального контроля, утвержденными Правительством Российской Федерации. В этом случае плановые контрольные (надзорные) мероприятия и внеплановые контрольные (надзорные) мероприятия проводятся с учетом особенностей, установленных статьями 61 и 66 настоящего Федерального закона.  
При этом ФЗ 248-ФЗ не устанавливает ИНЫХ особенностей, в том числе по проведению профилактики. 
В этом случае, профилактические мероприятия, принятие программы профилактики осуществляется без каких-либо особенностей.