Так как, контрольно-счетный орган муниципального образования обладает правами юридического лица, ликвидация КСП производятся на основании, в порядке и формах, которые предусмотрены гражданским законодательством Российской Федерации.
Согласно ч. 2 ст. 3 Федерального закона от 07.02.2011 № 6-ФЗ КСО является постоянно действующим органом внешнего муниципального финансового контроля и образуется представительным органом.
Решение о ликвидации КСП принимает учредитель.
В соответствии с решением Верховного Суда Республики Карелия от 06.11.2018 по делу № 3а-139/2018 исключение контрольно-счетного органа из структуры органов местного самоуправления само по себе не противоречит бюджетному законодательству, поскольку внешний муниципальный финансовый контроль в муниципальном образовании может быть организован и иным способом (передача полномочий).